首先，兩者是一種國際傳輸方式，其次區別可用物流和快遞來做比喻。進口清關公司好比國內大型物流公司，國際貨代小包好比國內快遞公司，雖然也有做物流，但大家會有所偏向選擇。希望能有所幫助。

貨代就是貨運代理的簡稱，就是負責各種運輸方面的代理。 進出口代理公司，是幫客戶做報關報檢、外匯核銷、出口退稅這些全套中間環節的，收取一定的代理服務費。可以要求進出口代理公司找貨代，完成租船訂艙和運輸環節。也可以自己指定貨代，讓進出口代理公司跟貨代把業務銜接好。 一般來說，進出口代理公司是面向沒有進出口權的企業和個人的，也有些公司自己有出口權，但也可以通過代理公司來做墊稅墊款，節省成本時間，加快資金回籠。

請問您說的進出口代理是指貿易的進出口代理，還是物流的進出口清關代理。如果是貨運進出口清關代理與國際貨代的差別就是：前者是后者中的其中一個業務形式罷了，更狹義。

如果您有進出口經營權的話，委托貨代做進口清關是沒問題的。如果沒有，就不行了，不過可以自己到海關注冊進出口經營權。需要進一步咨詢，再聯系。

　　簽訂代理進口協議→收貨人預備進口單據→換單→ 報檢 →報關→辦理貨物交接單→提箱→提貨。 　　具體操作：首先，與外貿公司簽訂進口代理協議 　　一、進口單據： 　　1、收貨人向貨代提供進口全套單據;貨代查清此貨物由哪家船公司承運、哪家船代操作、在哪里可以換取提貨單(小提單)。 　　2、進口單據包括：帶背書的正本提單或電放副本、裝箱單、發票、合同(一般貿易)。 　　3、貨代提前聯系場站并確認好提箱費、掏箱費、裝車費、回空費。 　　二、換單： 　　1、貨代在指定船代或船公司確認該船到港時間、地點，如需轉船，必須確認二程船名。 　　2、憑帶背書的正本提單(如果電報放貨，可帶電報放貨的傳真件與保函)去船公司或船代換取提貨單(小提單)。 　　注：“背書正本提單”兩種形式： 　　(1)提單上收貨人欄顯示“訂艙人”，則由發貨人背書; 　　(2)提單上收貨人欄顯示真正的收貨人，則需收貨人背書。 　　三、 報檢 ： 　　檢驗檢疫局根據“商品編碼”中的監管條件，確認此票貨是否要做商檢。 　　四、報關(清關) 　　1、外貿公司負責清關 　　2、報關資料包括：帶背書正本提單/電放副本、裝箱單、發票、合同、小提單 　　3、 海關 ： 　　(1)通關時間：一個工作日以內 　　(2)特殊貨物：二到三個工作日 　　(3)查驗：a，技術查驗：依據單據以及具體貨物決定是否查驗;b：隨機查驗： 海關 放行科放行后，電腦自行抽查。 　　五、辦理貨物交接單 　　1、貨代憑帶背書的正本提單(電放放貨的傳真件和保函)去船公司或船代的箱管部辦理貨物交接單。 　　2、貨物交接單：它是集裝箱進出港區、場站時，回箱人、運箱人與箱管人或其代理之間交換集裝箱及其他機械設備的憑證，并有管箱人發放集裝箱憑證的功能。它分進場和出場兩種，交換手續均在碼頭堆場大門口辦理。 　　注：拼箱貨(CFS條款交貨)，憑船代業務部進口科的通知單到箱管部交納進口 單證 費，然后可憑“小提單”和分單到碼頭直接提取貨物，無須辦理設備交接單。 　　六、提箱： 　　1、貨代憑小提單和拖車公司的“提箱申請書”到箱管部辦理進口集裝箱超期使用費、卸箱費、進口 單證 費等費用的押款手續。 　　2、若押款人不是提單上所注明的收貨人，押款人必須出具同意為收貨人押款并支付相應費用的保證函(保函)。 　　3、押款完畢經船代箱管部授權后到進口放箱崗辦理提箱手續，領取集裝箱設備交接單，并核對其內容是否正確。 　　4、收貨人拆空進口貨物后，將空箱返回指定的回箱地點。 　　5、空箱返回指定堆場后，收貨人要及時憑押款憑證，到箱管部辦理集裝箱費用的結算手續。 　　七、提貨： 　　1、貨代或收貨人憑小提單，聯系拖車去船代指定的碼頭、場站提取貨物。 　　2、押款人到箱管部辦理集裝箱押款結算手續。 　　注：拼箱貨需要到船公司或船代理簽取散貨分提單(分單)，提貨時用小提單和分單到碼頭提取貨物。 　　八、費用及其他： 　　針對不同的情況，按照商議的價格計算! 　　海關 、商檢工作時間：09：00—11：30 13：30—17：30 　　報關行：08：30—12：00 13：00—18：00 　　節假日休息。進口一定要查驗貨物。 　　正常情況下進口可在碼頭免費存放七天。